食品加工厂选用臭氧杀菌消毒的场地也许多，如臭氧对车间气体消毒、对食品类表层的杀菌功效、对食品袋原材料的消毒、对食品类的冷藏功效、对食品中的病菌，病毒感染，有毒物质的溶解这些。大肠埃希菌等微生物菌种的生长发育，日本已经用以酱制品、生鲜食品海鲜产品的包裝。
食品加工车间的运用,在食品加工车间选用的是将臭氧立即释放出来到空气中的方式，使全部室内空间及该室内空间中物件的周边充斥着臭氧汽体，在臭氧强化学作用下，做到消毒杀菌的目地。在加工车间应用臭氧的一个关键难题是明确逐渐提供杀菌的目地。在加工车间应用时加工车间内的病菌处在最少情况。一般可供车间臭氧两小时，封闭式溶解两小时，那麼在职工工作前4钟头给加工车间提供臭氧消毒好，那样即做到杀菌、消毒的实际效果，又使工作的职工嗅不上显著的臭氧味。若因必须非要在有些人的自然环境下开展消毒工艺流程时，则应在车间的部分密封性房间内开展，不可使臭氧泄露到车间的其他位置，不然当车间的臭氧超出浓度值时，对人身安全不好，非常容易对人会的呼吸系统造成不良影响。