应用臭氧发生器时，不可以立即注入水族鱼缸主储水箱的水里。更好是将臭氧加上到独立的储水箱中，如蛋白分离器，随后注入主缸。当应用谈水罐时，臭氧机也与氧气泵联接，与汽体混和，随后注入独立的不锈钢水槽，注入主缸以提升臭氧。
臭氧的需求量因海洋馆而异。海面中臭氧的应用一般与蛋白分离器相接，由于生鸡蛋造成的细微汽泡能能够更好地融解臭氧，并且细汽泡的臭氧效用将翻倍。
1、臭氧机电级对高低温空气比较弱，大大缩短了使用期限。为了更好地确保臭氧机在干躁空气中工作中，还互相配合应用空气制冷压缩机，使其使用期限比紫外线灭菌灯看起来多。
2、带有臭氧的海面和空气对鱼种和身体有危害，活性碳可用来消化吸收大量的臭氧。臭氧机包含气缸，更好是与应用时相互配合置放活性碳和臭氧机，以避免气瓶中过多的臭氧残余物。